Die erste Sammlung enthält geometrisch-abstrakte Kunst, als Dauerleihgabe vom Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed (Deutsch etwa: Reichsdienst für Kulturerbe). Es handelt sich hier um insgesamt 114 Objekte. Bekannte Namen wie Jan Schoonhoven, Cesar Domela Nieuwenhuis, Peter Struycken, Carel Visser, Ben Akkerman und Joost Baljeu gehören zu dieser Sammlung.
Die zweite Sammlung enthält konstruktiv konkrete Kunst mit den Abmessungen 30 x 30 cm, als Dauerleihgabe von international arbeitenden Künstlern. Es handelt sich um insgesamt 339 Kunstwerke. Künstler wie Douglas Allsop, John Carter, Andre van Lier, Josef Neuhaus, Vera Molnar, Eric Saxon und Gilbert Decock gehören zu dieser Sammlung.
Das Mondriaanhuis zeigt im Museum neun naturalistische Werke aus der frühen Schaffensperiode Mondriaans. Diese Landschaften und Stadtansichten stammen aus der Sammlung Esser. Der Arzt J.F.S. Esser (1877–1946) besaß damals eine der umfangreichsten Sammlungen niederländischer moderner Kunst. Die Sammlung zählte um 1912 achthundert Kunstwerke und umfasste gut und gerne achtzig Werke Mondriaans. Das waren allesamt naturalistische Gemälde aus der frühen Schaffensperiode des Malers, da der Sammler kein Liebhaber von abstrakter Kunst war. Die Erben von Herrn Esser haben dem Mondriaanhuis neun Werke als Dauerleihgabe geschenkt.